A cidade de Fernandópolis possui dois grandes distritos industriais, ocupados principalmente por indústrias do setor metalúrgico. Neles, ganham destaque empresas produtoras e exportadoras de móveis residenciais e de escritório.
Há ainda um mini-distrito, formado basicamente por empresas prestadoras de serviço. Um quarto distrito industrial, com área de aproximadamente oito alqueires será lançado este ano pela prefeitura. O espaço deve abrigar pelo menos 10 novas empresas.
A indústria de transformação animal, com destaque para o boi, também possui grande peso na economia do município com a presença de frigoríficos e um curtume, responsáveis por boa parte de nossas exportações.